S problémem imunity úzce souvisí možnosti transplantací tkání a orgánů při léčbě. V širším slova smyslu jde o přenos tkání a orgánů buď vlastních (autologní transplantace), nebo od dárců (heterologní transplantace). Dárcem může být jedinec stejného druhu, a to geneticky příbuzný, nebo geneticky různorodý. Dočasně lze použít i mezidruhovou transplantaci. Čím větší je shoda genetických a imunologických faktorů (jednovaječná dvojčata), tím větší je naděje na úspěšnost funkčního přihojení transplantátu. Při transplantacích u jedinců stejného druhu je třeba potlačit imunitní děje příjemce v první fázi tzv. imunosupresí s následným postupným uvedením imunitního systému alespoň částečně do normálu. To se daří u transplantace kostní dřeně, u jiných je nutné potlačení imunitních reakcí prakticky trvalé.
Transplantace jako takové jsou jen jednou z cest náhrady poškozených tkání a orgánů.