Informace o projektu
Analýza a vizualizace proteinových struktur
- Kód projektu
- GAP202/10/1435
- Období řešení
- 1/2010 - 12/2012
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Fakulta informatiky
- prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
- RNDr. Petr Beneš, Ph.D.
- Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
- doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
- RNDr. Antonín Pavelka, Ph.D.
- Mgr. Tibor Szabó
- Mgr. Eva Šebestová, Ph.D.
- Mgr. Vilém Šustr
- Mgr. Matúš Zamborský
- Klíčová slova
- vizualizace; virtuální reality; protein; molekulová dynamika
- Spolupracující organizace
-
Západočeská univerzita v Plzni
- Odpovědná osoba doc. Ing. Ivana Kolingerová, Dr.
V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro bioechemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod. budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Metody budou začleněny do do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.
Publikace
Počet publikací: 25
2011
-
Polymorfizmus CYP2D6 a vliv jednotlivých mutací na fenotypickou konverzi při léčbě paroxetinem
Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty
-
Visualization Techniques for Static and Dynamic Protein Molecules and Their Channels
Rok: 2011, druh: Přehledové a vzdělávací texty
2010
-
HOTSPOT WIZARD: NÁSTROJ PRO INŽENÝRSTVÍ ENZYMŮ
Rok: 2010, druh: Další prezentace na konferencích
-
Increasing activity of bacterial biocatalyst with toxic anthropogenic substrate using methods of protein engineering.
Rok: 2010, druh: Další prezentace na konferencích
-
Systems biology at work
Current Opinion in Biotechnology, rok: 2010, ročník: 21, vydání: 21