Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 836
2008
-
Acidofilní sirné a železité bakterie v ekologii sulfidů.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Analysis of adenine nucleotides and nicotinamide coenzymes by CZE in combination with field enhanced stacking
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Analysis of Substrate Specificities of Wild-type Haloalkane Dehalogenases and their Mutants by Multivariate Statistics
Rok: 2008, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Analýza adeninových nukleotidů a koenzymů pomocí CZE v kombinaci s field enhanced stacking on-line prekoncentrační technikou
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Antibacterial C-Geranylflavonoids from Paulownia tomentosa Fruits
Journal of Natural Products, rok: 2008, ročník: 71, vydání: 4, DOI
-
Application of EMMA methodology for on-capillary protein digestion in proteomic research
Book of Abstracts 22nd International Symposium on MicroScale Bioseparations and Methods for Systems Biology, rok: 2008
-
Application of Micellar Electrokinetic Capillary Chromatography for Evaluation of Inhibitory Effects on Cytochrome P450 Reaction
Journal of Chromatography A, rok: 2008, ročník: 1189, vydání: 1-2
-
Aspergillus fumigatus lectins
Program, sborník přednášek a posterů, rok: 2008
-
Biochemical characterization of Srs2 helicase
Rok: 2008, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Bioinformatické vyhledávání lektinů z hub a plísní
XXI. biochemický sjezd, program, sborník přednášek a posterů, rok: 2008