Project information
Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
- Project Identification
- GJ20-15915Y
- Project Period
- 1/2020 - 12/2022
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Junior projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
Projekt cílí na pochopení základních principů molekulového rozpoznávání, které je jedním ze základních kamenů biochemického výzkumu. Strukturní biologie sice poskytuje značné informace o funkci a interakci molekul v živých buňkách, ale není doposud známo, jak tisíce proteinů v databázích dokáží rozpoznávat své přislušné ligandy. Cílem tohoto projektu je tento proces objasnit na úrovni všech proteinů se známou terciární strukturou (celé PDB databáze). K dosažení tohoto cíle bude potřeba vyvinout nový heuristický algoritmus pro analýzu transportních cest ve flexibilních molekulách proteinů. Tyto algoritmy budou implementovány v nové verzi in house softwarového nástroje CaverDock. Výstupem tohoto projektu bude vylepšený software pro masivní analýzu transportních procesů v proteinech, webový nástroj zpřístupňující CaverDock širší odborné veřejnosti a pochopení základních principů uplatňujících se při rozpoznávání molekul uvnitř živých buněk.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 19
2022
-
SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2022, volume: 20, edition: November 2022, DOI
-
Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes
ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS, year: 2022, volume: 183, edition: April 2022, DOI
2021
-
FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction
Briefings in Bioinformatics, year: 2021, volume: 22, edition: 4, DOI
-
FireProt(DB): database of manually curated protein stability data
Nucleic acids research, year: 2021, volume: 49, edition: D1, DOI
-
Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR
Current Protocols, year: 2021, volume: 1, edition: 2, DOI
-
Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2021, volume: 19, edition: May, DOI
-
Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock
Protein-Ligand Interactions and Drug Design, year: 2021, number of pages: 20 s.
-
SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli
Bioinformatics, year: 2021, volume: 37, edition: 1, DOI
2020
-
Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics
Computational and Structural Biotechnology Journal, year: 2020, volume: 18, edition: 2020, DOI