Project information
Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema

Information

This project doesn't include Faculty of Sports Studies. It includes Faculty of Medicine. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

GAP302/12/0574

Project Period

1/2012 - 12/2016

Investor / Pogramme / Project type

Czech Science Foundation

Standard Projects

MU Faculty or unit

Faculty of Medicine

prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Rod Treponema zahrnuje řadu lidských patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Plánovaný projekt má dva základní cíle zahrnující genomové sekvencování řady vybraných kmenů treponem a sekvenční analýzu transkriptomů několika patogenních kmenů. Bude sekvencováno nejméně 10 kmenů treponem, a to na úroveň vysoce kvalitní kompletní genomové sekvence. Tyto sekvence budou použity pro definici minimálního počtu genetických změn odlišujících zástupce poddruhů pallidum a pertenue. Budou sekvencovány také kmeny izolované z klinického materiálu a kmen způsobující syfilis zajíců, T. paraluisleporis. Sekvenační metody budou použity také pro analýzu transkriptomů nejméně 6 treponemálních kmenů způsobujících syfilis a yaws. Treponemální promotory budou identifikovány pomocí reporterového plasmidu s luxCDABE geny.

Publications

Total number of publications: 19

2014

Syphilis-causing strains belong to separate SS14-like or Nichols-like groups as defined by multilocus analysis of 19 Treponema pallidum strains

NECHVÁTAL Lukáš PĚTROŠOVÁ Helena GRILLOVÁ Linda POSPÍŠILOVÁ Petra MIKALOVÁ Lenka STRNADEL Radim KUKLOVÁ Ivana KOJANOVÁ Martina KREIDLOVÁ Miluše VAŇOUSOVÁ Daniela PROCHÁZKA Přemysl ZÁKOUCKÁ Hana KRCHŇÁKOVÁ Alena ŠMAJS David

Article in Periodical

International Journal of Medical Microbiology, year: 2014, volume: 304, edition: 5-6, DOI
The Molecular Typing Data of Recently Identified Subtype 11q/j of Treponema pallidum subsp. pallidum Suggest Imported Case of Yaws.

MIKALOVÁ Lenka STROUHAL Michal GRILLOVÁ Linda ŠMAJS David

Article in Periodical

Sexually transmitted diseases, year: 2014, volume: 41, edition: 9
Whole Genome Sequence of the Treponema pallidum subsp. endemicum Strain Bosnia A: The Genome Is Related to Yaws Treponemes but Contains Few Loci Similar to Syphilis Treponemes

ŠTAUDOVÁ Barbora STROUHAL Michal ZOBANÍKOVÁ Marie ČEJKOVÁ Darina FULTON Lucinda L. CHEN Lei GIACANI lorenzo CENTURION-LARA Arturo BRUISTEN Sylvia M. SODERGREN Erica WEINSTOCK George M. ŠMAJS David

Article in Periodical

PLoS neglected tropical diseases, year: 2014, volume: 8, edition: 11, DOI

2013

Comparison of CDC and sequence-based molecular typing of syphilis treponemes: tpr and arp loci are variable in multiple samples from the same patient

MIKALOVÁ Lenka POSPÍŠILOVÁ Petra WOZNICOVÁ Vladana KUKLOVA Ivana ZAKOUCKA Hana ŠMAJS David

Article in Periodical

BMC Microbiology, year: 2013, volume: 13, edition: 178, DOI
Is there a difference between hare syphilis and rabbit syphilis? Cross infection experiments between rabbits and hares

LUMEIJ Johannes T. MIKALOVÁ Lenka ŠMAJS David

Article in Periodical

Veterinary Microbiology, year: 2013, volume: 164, edition: 1-2, DOI
Resequencing of Treponema pallidum ssp. pallidum Strains Nichols and SS14: Correction of Sequencing Errors Resulted in Increased Separation of Syphilis Treponeme Subclusters

PĚTROŠOVÁ Helena POSPÍŠILOVÁ Petra STROUHAL Michal ČEJKOVÁ Darina ZOBANÍKOVÁ Marie MIKALOVÁ Lenka SODERGREN Erica WEINSTOCK George M. ŠMAJS David

Article in Periodical

PloS ONE, year: 2013, volume: 8, edition: 9, DOI
Structure of rrn operons in pathogenic noncultivable treponemes: sequence but not genomic position of intergenic spacers correlates with classification of Treponema pallidum and Treponema paraluiscuniculi strains

ČEJKOVÁ Darina ZOBANÍKOVÁ Marie POSPÍŠILOVÁ Petra STROUHAL Michal MIKALOVÁ Lenka WEINSTOCK George M. ŠMAJS David

Article in Periodical

Journal of Medical Microbiology, year: 2013, volume: 62, edition: 2, DOI
Whole Genome Sequence of the Treponema Fribourg-Blanc: Unspecified Simian Isolate Is Highly Similar to the Yaws Subspecies

ZOBANÍKOVÁ Marie STROUHAL Michal MIKALOVÁ Lenka ČEJKOVÁ Darina AMBROŽOVÁ Lenka POSPÍŠILOVÁ Petra FULTON Lucinda L. CHEN Lei SODERGREN Erica WEINSTOCK George M. ŠMAJS David

Article in Periodical

PLOS Neglected Tropical Diseases, year: 2013, volume: 7, edition: 4, DOI

2012

Whole Genome Sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum, Strain Mexico A, Suggests Recombination between Yaws and Syphilis Strains

PĚTROŠOVÁ Helena ZOBANÍKOVÁ Marie ČEJKOVÁ Darina MIKALOVÁ Lenka POSPÍŠILOVÁ Petra STROUHAL Michal CHEN Lei QIN Xiang MUZNY Donna M. WEINSTOCK George M. ŠMAJS David

Article in Periodical

PLOS Neglected Tropical Diseases, year: 2012, volume: 6, edition: 9, DOI