Informace o projektu
Řízená evoluce dynamických elementů v enzymech s využitím mikrofluidních čipů
- Kód projektu
- GA16-07965S
- Období řešení
- 1/2016 - 12/2018
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Spolupracující organizace
-
Ústav přístrojové techniky AV ČR, v. v. i.
Enzymy během katalýzy zajišťují přesnou synchronizaci řady procesů s využitím dynamických prvků, jako jsou přístupové tunely a brány. Tunely a brány zprostředkovávají výměnu ligandů mezi solventem a aktivním místem enzymu nebo mezi dvěma oddělenými aktivními místy. Mobilní brány umožňují přístup vhodných substrátů a kofaktorů, při současném zabránění vstupu nežádoucích ligandů, inhibitorů nebo solventu. Modifikace těchto dynamických částí enzymu může vest k významnému zlepšení vlastností enzymů a představuje tak zajímavou strategii proteinového inženýrství. Inženýrství dynamických prvků vyžaduje kombinatorickou mutagenezi velkého počtu aminokyselin, vedoucí ke vzniku rozsáhlých knihoven o velikosti >10E6 mutantů. V rámci tohoto projektu bude vyvinuta vysoce účinná mikrofluidní screeningová metoda, která bude následně využita pro screening těchto knihoven v řízené evoluci dynamických tunelů a bran. Nově vyvinutá metoda umožní třídění buněk v reálném čase a vícerozměrnou adaptaci proteinů zcela novým způsobem.
Publikace
Počet publikací: 19
2019
-
Development of Fluorescent Assay for Monitoring of Dehalogenase Activity
Biotechnology Journal, rok: 2019, ročník: 14, vydání: 3, DOI
-
Exploring the challenges of computational enzyme design by rebuilding the active site of a dehalogenase
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, rok: 2019, ročník: 116, vydání: 2, DOI
-
Fluorescent pH Indicators for Neutral to Near-Alkaline Conditions Based on 9-Iminopyronin Derivatives
ACS Omega, rok: 2019, ročník: 4, vydání: 3, DOI
-
Structure-Function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases
Aerobic Utilization of Hydrocarbons, Oils, and Lipids, rok: 2019, počet stran: 21 s.
-
Surface-enhanced Raman Spectroscopy in Microfluidic Chips for Directed Evolution of Enzymes and Environmental Monitoring
2019 PHOTONICS & ELECTROMAGNETICS RESEARCH SYMPOSIUM - SPRING (PIERS-SPRING), rok: 2019
2018
-
A Haloalkane Dehalogenase From a Marine Microbial Consortium Possessing Exceptionally Broad Substrate Specificity
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, rok: 2018, ročník: 84, vydání: 2
-
CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data
Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI
-
Detection of Chloroalkanes by Surface-Enhanced Raman Spectroscopy in Microfluidic Chips
Sensors, rok: 2018, ročník: 18, vydání: 10, DOI
-
Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization
ACS Catalysis, rok: 2018, ročník: 8, vydání: 3, DOI
-
Haloalkane Dehalogenases From Marine Organisms
MARINE ENZYMES AND SPECIALIZED METABOLISM, PT B, rok: 2018, ročník: 605, vydání: 1, DOI