Informace o projektu
Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů
- Kód projektu
- 7AMB15AT018
- Období řešení
- 1/2015 - 12/2016
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Aktivita MOBILITY
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Fakulta informatiky
- doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
- RNDr. Jan Byška, Ph.D.
- RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
- prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
- RNDr. Marek Vinkler, Ph.D.
- Mgr. Michal Vinkler
- Spolupracující organizace
-
Universität Wien
- Odpovědná osoba Assist. Prof. Dipl.-Ing. Ivan Viola
Projekt je primárně zaměřen na prohloubení výzkumné spolupráce mezi Institute of Computer Graphics and Algorithms, Vienna University of Technology a Katedrou počítačové grafiky a designu, Laboratoří interakce člověka s počítačem na Fakultě informatiky Masarykovy univerzity v Brně.
Návrh projektu a kompetence členů týmu vycházely zejména z předchozích zkušeností obou stran v oblasti analýzy a vizualizace proteinových struktur. V tomto ohledu jsou rakouská a česká strana vysoce kompatibilní – rakouská strana má rozsáhlé zkušenosti v oblasti vizualizace, zatímco český tým se věnoval spíše geometrické analýze proteinu.
V rámci plánované spolupráce se chceme zaměřit zejména na oblast interaktivní vizualizace dynamicky se měnících makromolekulárních struktur. Zkoumání chování velkých chemických a biologických systémů je jednou z klíčových oblastí dalšího výzkumu v oblasti biochemie, bioinformatiky a rovněž počítačové grafiky. To úzce souvisí se studiem dynamického chování makromolekul, které je zkoumáno pomocí stále delších simulací, čímž je vytvářeno stále větší množství dat pro následnou analýzu a zpracování. Toto množství dat je od jisté míry téměř nemožné procházet v jejich hrubé formě a vzniká potřeba vzniku systémů, které umožní uživateli interaktivně procházet, sledovat a vyhodnocovat nasnímané dynamické simulace složitých molekulárních systémů. Právě vytvoření takového systému je hlavním cílem našeho navrženého společného výzkumu.
Publikace
Počet publikací: 5
2017
-
Visualization of Biomolecular Structures: State of the Art Revisited
Computer Graphics Forum, rok: 2017, ročník: 36, vydání: 8, DOI
2016
-
AnimoAminoMiner: Exploration of Protein Tunnels and their Properties in Molecular Dynamics
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, rok: 2016, ročník: 22, vydání: 1, DOI
-
Visual Analysis of Biomolecular Cavities: State of the Art
Computer Graphics Forum, rok: 2016, ročník: 35, vydání: 3, DOI
2015
-
MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids
Computer Graphics Forum, rok: 2015, ročník: 34, vydání: 3, DOI
-
Visualization of Biomolecular Structures: State of the Art
Eurographics Conference on Visualization (EuroVis) - STARs, rok: 2015