Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
| Název česky | Nástroj pro generování umělých obrazových souborů z oblasti fluoroscenční mikroskopie |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2011 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | V oboru zpracování obrazů z fluorescenční mikroskopie jsou algoritmy sledování pohybu a segmentování nenahraditelné nástroje pro sledování buněk a pro analýzu buněčných procesů v čase. Přestože se takové algoritmy používají denně, většinou nejsou dostatečně prověřené. Vidíme proto tzv. ground-truth (GT) informaci jako velmi důležitý prostředek pro verifikaci algoritmů zpracování obrazu. Bohužel ale, GT není běžně k dispozici. Hodně algoritmů je proto prověřováno pouze vůči GT získané z reálných dat ruční anotací lidským expertem. To je ale velmi komplikované, zdlouhavé a časově náročné, specielně, zpracováváme-li 3D obraz nebo sekvenci 3D obrazů. Předkládáme proto nový nástroj, který je schopný generovat umělá 3D obrazová data z fluorescenční mikroskopie obsahující také GT. Nástroj umí generovat jak samostatný snímek tak i časovou sekvenci. GT informace je reprezentovaná formou binární masky, pro testování segmentačních algoritmů, a formou vektorového pole, pro testování sledovacích algoritmů. Testovaná metoda je spuštěna na vygenerovaných obrazech, výsledek je potom porovnán s GT a kvalita metody je posouzena. Nástroj generuje tvar, strukturu a také pohyb zvolených biologických objektů přičemž zachovává kontinuitu tvaru a struktury v čase. Je koncipovaný pro generování umělých objektů o různých velikostech od mikrokuliček až po tkáně. Nástroj bude veřejně dostupný, nahradí stávající verzi na webové adrese http://cbia.fi.muni.cz/simulator. Práce byla sponzorována Ministerstvem školství ČR (projekty č. MSM0021622419, LC535 and 2B06052). |
| Související projekty: |
|