The use of Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight Mass Spectrometry whole cell protein/peptide profiles for identification and characterization of lactic acid bacteria
| Název česky | Využití Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight hmotnostní spektrometrie celobuněčných protein/peptidových profilů pro identifikaci a charakterizaci mléčných bakterií |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2010 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | V mlékárenském průmyslu je důležité správně identifikovat a charakterizovat kultury. Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight hmotnostní spektrometrie poskytuje unikátní a vysoce reprodukovatelný protein/peptidový profil. Metoda MALDI-MS je rychlá, citlivá, technicky nenáročná a vysoce reprodukovatelná. MALDI-MS profily jsou využívány pro přímou identifikaci mikroorganismů a pro monitorování jejich charakteristik a produktů. Identifikace je založena na porovnání profilů celobuněčných preparátů s databází profilů typových a referenčních kultur a je podkladem pro klasifikaci nových technologických kultur bakterií mléčného kvašení. Cílem naší studie bylo otestovat kapacitu MALDI MS analýzy pro spolehlivou identifikaci vybraných taxonů bakterií mléčného kvašení. Metodika: Po kultivaci kultury byly získány extrakty buněk podle standardizovaného protokolu přípravy vzorku pro analýzu. Extrakty byly pipetovány na MALDI destičku a překryty matricí kyseliny alfa-kyano-hydroxyskořicové a analyzovány přístrojem Ultraflex III (Bruker Daltonik). Data byla zpracována shlukovou analýzou s využitím BioTyper software (Bruker Daltonik). Výsledky: Byla získána reprodukovatelná spektra typovýcha referenčních kultur vybraných druhů bifidobakterií, laktobacilů a laktokoků. Proces optimalizace kultivačních podmínek neprokázal vliv kultivačního media, teploty, prodloužení kultivace a uchovávání vzorku na výsledné hmotnostní spektrum a následnou klasifikaci vzorku. Odlišili jsme 100 CCM a CCDM kmenů bakterií mléčného kvašení. Shluková analýza potvrdila aplikovatelnost MALDI-MS pro identifikaci kultur mléčných bakterií na úrovni druhů a v některých případech i poddruhů. Diskuze: Hlavní výhodou MALDI-MS je rychlost a snadná indentifikace kultivovatelných bakterií na úrovni rodů, druhů a poddruhů. Metoda je aplikovatelná pro identifikaci a charakterizaci nových probiotických kmenů. Práce byla podpořena projekty 2B08068 (NPVII), MSM0021622415, MSM0021622416 and LC06034. |
| Související projekty: |
|