Celogenomové restrikční mapování u zástupců rodu Treponema.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Porovnání genomů 6 různých kmenů Treponema pallidum (T. p.) prostřednictvím techniky whole genome fingerprinting (WGF) s referenčním genomem kmene Nichols (T. p. ssp. pallidum), hledání faktorů virulence a sekvenčních rozdílů v rámci jednotlivých kmenů, které lze použít v klinické diagnostice. Studované kmeny: T. p. ssp. pallidum kmeny DAL-1 a Mexico A, T. p. pertenue kmeny Gauthier a CDC-2, T. p. endemicum kmen Bosnia A a opičí izolát Fribourg-Blanc. U všech studovaných kmenů byly nalezeny 2 oblasti s repetitivní sekvencí (TP0433-434 a TP0470), počet repetic byl specifický pro každý treponemální kmen. Byly zjištěny 4 specifické indely společné pouze pro kmeny poddruhu pertenue a pro opičí izolát Fribourg-Blanc. Existují také unikátní sekvenční změny v např. podobě inzerce 58 bp v genu TP0136 u kmene DAL-1, delece 48 bp (TP0548) a inzerce 0,5 kb (TP0695-697) u kmene Fribourg-Blanc. Příbuznost treponemálních genomů dosahuje až 99% shody. Rozdíly se nachází především v oblasti tpr genů. |
| Související projekty: |
|