Identifikace profilu genové exprese nádoru pomocí DNA čipů a jeho využití v diagnostické a prediktivní onkologii
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | Edukační sborník - XXVIII. Brněnských onkologických dnů a XVIII. Konference pro sestry a laboranty. 26.-28. května 2004 |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Onkologie a hematologie |
| Klíčová slova | DNA microarrays; gene expression; cancer; prediction; prognosis |
| Popis | Úvod Aberantní genová exprese je klíčovým krokem iniciace, promoce a progrese tumoru. Vzniká na podkladě chromozomálních změn, mnohočetných genových mutací a genetické nestability nádorové buňky. Studium těchto změn za použití tradičních metod molekulární biologie je v širším měřítku velmi obtížné a ve druhé polovině minulého století bylo omezeno především na detekci produktů chromozomálních translokací (např. Bcr/abl), identifikaci základních genových mutací (např. p53, BRCA1), nebo kvantifikaci exprese jednotlivých genů. Porozumění pro většinu nádorů tak bylo omezeno především na jejich histologickou klasifikaci, grading, klinický rozsah a ojedinělé molekulární markery. Kombinace těchto kritérií byla a je více či méně úspěšně používána k rozlišení prognosticky odlišných skupin. Z pohledu 21. století charakterizovaného rozvojem nových technologií a existencí částečně i kompletně zmapovaných genomů již několika organismů, včetně lidského genomu, se to jeví jako nedostatečné. Je-li aberantní genová exprese skuteč ně klíč ovým krokem tumorogeneze a platí-li základní dogma informačního toku v biologických systémech (DNA>RNA>protein>fenotyp), vzniká tak předpoklad, že biologické koreláty genové exprese jsou identifikovatelné. Naděje je proto vkládána do DNA čipů (DNA microarrays), které představují zařízení schopné ve velmi krátkém čase paralelně detekovat a kvantifikovat expresi až desítky tisíc genů (profil genové exprese) a nebo identifikovat variabilitu genetického kódu. DNA čipové analýzy nám umožňují globální pohled na genovou expresi nádoru a identifikaci genetických markerů důležitých pro diagnostiku, klasifikaci a predikci nádorového onemocnění. Základy technologie DNA čipů DNA čipy můžeme definovat jako miniaturizované zařízení nesoucí na svém povrchu imobilizované fragmenty nukleových kyselin (sondy) v přesně určeném uspořádání. Tyto sondy jsou sekvenčně derivovány tak, aby mohly specificky hybridizovat s testovaným genetickým materiálem, který je předem speciálně označen za účelem posthybridizační detekce [3]. |