Analýza sigma 54 závislých promotorových oblastí Treponema pallidum.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2007 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | sigma 54 dependent promoters; Treponema pallidum. |
| Popis | Spirocheta T. pallidum ssp. pallidum, mikroaerofilní obligátní lidský patogen, způsobuje pohlavně přenosné onemocnění syfilis, které napadá různé tkáně a orgány. Různá stádia syfilis a schopnost infikovat různé orgány pravděpodobně vyžaduje regulaci genové exprese. Studovali jsme funkci faktoru sigma 54 (RpoN) a jeho pozitivního regulátoru FhlA. Funkcí sigma faktoru je vazba RNA polymerázy k promotoru a zabránění nespecifické iniciace transkripce. Pro studium sigma 54 závislých promotorů byla použita analýza in silico, mapování promotorů pomocí PCR z cDNA (cDNA PCR) a transkripční fúze mezi predikovaným sigma 54 závislým promotorem a luxCDABE geny plazmidu pCS26, které slouží jako reportérový systém pro analýzu míry exprese. S využitím programu PromScan byly identifikovány sigma 54 závislé promotory v genomu T. p. pallidum Nichols. Tyto promotory se nacházejí před TP1038 (tpF1), TP1035 (valS), TP0105 (polA), TP0689 (kódující GTP vázající protein), tRNA Arg 5 (kódující tRNA), TP0324 (kódující hypotetický protein) a TP0816 (kódující hypotetický protein). Lokalizace predikovaného promotoru genu TP1038 byla potvrzena výsledky cDNA PCR. Pomocí QPCR nebo DNA čipů byla experimentálně potvrzena regulace genů TP0105 a TP1038 proteiny RpoN a FhlA. Promotory genů TP0105 (polA) a TP1038 (tpF1) byly naklonovány do vektoru pCS26 a vzniklé konstrukty byly transformovány rekombinantními plazmidy nesoucími geny rpoN a fhlA. U obou promotorů dochází za konstitutivní exprese genů rpoN a fhlA k signifikantnímu vzrůstu luminiscence oproti kontrolám. Uvedené výsledky tedy naznačují přítomnost sigma 54 závislých promotorů v genomu T. pallidum Nichols, které jsou lokalizovány přinejmenším před geny TP0105 a TP1038. K optimální funkci proteinů sigma 54 a FhlA dochází u E. coli za anaerobních podmínek, v kyselém pH a za přítomnosti kyseliny mravenčí. Experimenty s treponemálními geny rpoN a fhlA budou ještě provedeny za těchto podmínek. |
| Související projekty: |
|