Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem

• Autoři: SLABÝ Ondřej; SVOBODA Marek; GARAJOVÁ Ingrid; KREJČÍ Eva; ŠMERDOVÁ Tamara; KNOFLÍČKOVÁ Dana; SVOBODA Miroslav; KOCÁKOVÁ Ilona; ŠEFR Roman; RŮŽICKOVÁ Jana; ŠLAMPA Pavel; HOCH Jiří; VYZULA Rostislav
• Rok publikování: 2007
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: 51. Studenstká vědecká konference. Program a abstrakta
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• www: http://spolek1.med.muni.cz/svk/program-konference.php
• Obor: Onkologie a hematologie
• Klíčová slova: colorectal cancer; prognosis; prediction
• Popis: Kolorektální karcinom (KRK) patří v České republice k nejčetnějším nádorovým onemocněním. Rozdělení pacientů do klinických stádií do jisté míry předurčuje jejich dlouhodobou prognózu, mezi pacienty jednoho a téhož stádia ovšem existují velmi významné rozdíly jak v prognóze (délka života), tak v odpovědi na použité léčebné postupy. Cílem této studie bylo ověřit možnosti využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy pacientů s kolorektálním karcinomem v klinickém stádiu II a III a k predikci léčebné odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem rekta. Do studie bylo zařazeno 23 pacientů s histologicky potvrzeným kolorektálním karcinomem v klinickém stádiu II a III. Šest pacientů mělo dobrou prognózu s délkou bezpříznakového přežití (DFS) delší než 36 měsíců (medián 43), šest mělo špatnou prognózu s DFS kratším než 36 měsíců (medián 13). Z 11 pacientů s lokálně pokročilým karcinomem rekta, kteří podstoupili neoadjuvantní konkomitantní chemoradioterapii založenou na fluoropyrimidinech, došlo u pěti ke kompletní patologické remisi, u zbývajících šesti nebyla znatelná léčebná odpověď. U 12 primárních nádorů pacientů se známým DFS (follow-up minimálně 36 měsíců) byla stanovena exprese 128 genů potenciálně zapojených do procesů metastazování a nádorové invazivity pomoci komerčního nízkohustotního oligonukleotidového makročipu. Pro predikci léčebné odpovědi byly použity makročipy nesoucí sondy pro 440 genů s popsanou funkcí v nádorové biologii. Analýzou expresních profilů pomocí t-testu (alfa = 0,01) a metody SAM (Significance Analysis of Microarrays, delta = 1,5) jsme identifikovali 10 genů (9 up-regulovaných, 1 down-regulovaný) s minimálně dvojnásobným rozdílem v expresi v primárních nádorech pacientů se špatnou prognózou. Tato skupina genů umožnila v následné klastrové analýze (HCL) pacienty rozdělit do skupin dle prognózy. Poprvé byla u kolorektálního karcinomu s nepříznivou prognózou identifikována zvýšená exprese genů pro hepatální růstový faktor HGF a transkripční faktor ETV4. Za použití metody SAM (delta = 0,5) jsme identifikovali 7 genů up-regulovaných u pacientů neodpovídajících na neoadjuvantní chemoradioterapii. Anti-apoptické geny MDM4, calnexin a CD24 byly popsány poprvé a jejich biologická funkce je v souladu s pozorovaným fenotypem. Vybrané geny z makročipových analýz byly úspěšně validovány metodou qRT-PCR. Naše předběžné výsledky naznačují, že nízkohustotní oligonukleotidové makročipy jsou velice užitečnou pomůckou při studiu jak nádorové invazivity a diseminace tak chemo- a radio-rezistence. Práce byla podpořena grantem IGA MZ ČR NR/9076.