Komparativní genomová sekvenace (CGS): nový typ sekvenování bakteriálních genomů.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2006 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Comparative genome sequencing; bacterial genomes; T. pallidum |
| Popis | Rod Treponema zahrnuje několik blízce příbuzných patogenních zástupců. Tyto druhy a poddruhy se liší mírou patogenity a invazivity pro člověka a nelze je morfologicky ani serologicky navzájem odlišit. Komparativní genomické studie pomocí DNA microarray čipů a metody whole genome fingerprinting ukazují na vysokou sekvenční příbuznost patogenních treponem. Pořadí genů na chromozomech je nezměněno a nebyly zjištěny oblasti rozsáhlých delecí a inzercí genetického materiálu ve smyslu ostrovů patogenity. Sekvenční rozdíly zodpovědné za odlišnou klinickou manifestaci treponemálních infekcí pravděpodobně zahrnují jednonukleotidové záměny a krátké delece a inzerce. Komparativní genomová sekvenace (CGS) představuje alternativu klasického sekvenování dideoxyterminátorovou metodou pro blízce příbuzné genomy. Byl připraven hybridizační oligonukleotidový čip na základě genomové sekvence T. pallidum subsp. pallidum Nichols. Čip obsahuje sadu 29-merů překrývajících se vzájemně o 22 bází a to v rozsahu celého chromozomu T. pallidum a zahrnuje sekvence obou polynukleotidových řetězců, celkem 325.138 hybrididizačních prób. Na základě hybridizace fluorescenčně značené DNA kmene Nichols a vyšetřovaného kmene na dvou jednotlivých čipech bylo v tzv. mapovací fázi komparativní genomové analýzy dosaženo přesného označení úseků genomu, kde jsou sekvence odlišné. Na základě výsledků mapovací fáze byl pro každý z vyšetřovaných kmenů navrhnut další, tzv. resekvenační čip s cílem jednoznačně určit jednonukleotidové záměny v příslušných pozicích. Místa v genomu, u nichž se nepodařilo identifikovat SNP, představují shluky SNP nebo krátké delece a inzerce a tyto byly podrobeny klasické sekvenaci. V genomu T. pallidum subsp. pallidum SS14 bylo identifikováno 231 SNP. Klasické sekvenaci bylo podrobeno 18 úseků genomu. Celkem bylo nalezeno 317 SNP, 10 delecí a 12 inzercí (o délce 1-64 bp). V genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoan D bylo nalezeno 904 SNP a ke klasické sekvenaci je doporučeno 79 úseků. V genomu T. paraluiscuniculi Cuniculi A bylo identifikováno 5933 SNP a klasicky sekvenovat je nutno více než 500 úseků genomu. Sekvenční rozdíly mezi genomy blízce příbuzných treponem zjištěné metodou CGS byly použity pro definování vnitro- a mezipoddruhové variability T. pallidum a vytipování kandidátních úseků pro screening většího počtu klinických izolátů jednotlivých poddruhů. |
| Související projekty: |