The InDeVal insertion/deletion evaluation tool: a program for finding target regions in DNA sequences and for aiding in sequence comparison
| Název česky | Program InDeVal pro evaluaci insercí a delecí: program pro vyhledávání zájmových oblastí v sekvenci DNA a pro srovnávání různých sekvencí |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2004 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | BMC Bioinformatics |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | doi:10.1186/1471-2105-5-173 |
| Obor | Botanika |
| Klíčová slova | deletion; DNA target regions; indel; insertion; Poaceae; software; trnL intron |
| Popis | Program InDeVal byl původně navržený k vyhledávání známých oblastí délkových mutací (s výjimkou izolovaných jednobázových indelů) v rámci nových sekvencí úseku trnL-F zástupců čeledi Poaceae a k jejímu srovnání s 533 již známými sekvencemi. Obecně dokáže program najít konkrétní cílová místa (označená jako "variabilní oblasti") v DNA sekvenci. Variabilní oblast je jakýkoli zájmový region, např. oblast délkových mutací, určitý kodon či kodony, nebo sekvence, která kóduje určitou sekundární RNA strukturu. Vstupními daty pro InDeVal jsou DNA sekvence a soubor s templáty (sekvence ohraničující variabilní oblast), soubory obsahují variabilní oblasti a jejich charakteristiky definované uživatelem (např. všechny taxony, které mají daný indel). Variabilní oblasti jsou vyhledány pomocí detekce templátů algoritmem LPAM. Tento algoritmus byl vytvořen pro InDeVal a je zde poprvé zveřejněn. Výstup z programu InDeVal je interaktivní displej studované sekvence, rozdělený po úsecích stanovených uživatelem. Informace může být exportována do textového souboru. Citlivost programu k různým úrovním bodových a délkových mutací v konservativních oblastech je nastavitelná. InDeVal je k dispozici pro platformu Microsoft Windows z webové adresy http://www.sci.muni.cz/botany/elzdroje/indeval/. |
| Související projekty: |