Proteotypová klasifikace renálního karcinomu
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2023 |
| Druh | Vyžádané přednášky |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Renální karcinom (RCC) představuje závažné onkologické onemocnění s celosvětově druhou nejvyšší incidencí v České republice. Molekulární prognostické a prediktivní biomarkery pro RCC jsou většinově nedostupné, především pak na proteinové úrovni. Pro kvantifikaci co největšího množství proteinů spojených s tumorigenezí RCC jsme vytvořili RCC-specifickou spektrální knihovnu cílených proteomických “assays“ pro 7960 proteinových skupin (FDR=1 %). Následně jsme použili hmotnostní spektrometrii s datově nezávislým sběrem dat (DIA-MS) na LC-MS systému QExactive HF-X pro analýzu velmi dobře charakterizovaného souboru metastatických RCC tumorů (tréninkový soubor n=53, validační soubor n=22) a přilehlých nenádorových tkání (n=17), z nichž část odpovídala a část neodpovídala na léčbu tyrosinkinázovými inhibitory (TKI). Identifikovali a validovali jsme proteinový biomarker specificky spojený se špatnou odpovědí na léčbu TKI, související rovněž s časem do dosažení nejlepší léčebné odpovědi a nesouvisející s nádorovým grade a dalšími klinickopatologickými parametry. Funkční analýzy s využitím CRISPR/Cas9 knockoutu potvrdily jeho souvislost s buněčnou migrací a invazivitou ve 2D a 3D prostředí. Podobná studie byla provedena také pro identifikaci proteinů souvisejících s relapsem lokalizovaného RCC a rovněž vedla k relevantním výsledkům. Lze shrnout, že proteomika nové generace založená na DIA-MS je vysoce výkonným nástrojem pro klasifikaci tkání RCC, umožňující identifikaci prognostických biomarkerů a alternativních terapeutických cílů. Podpořeno Ministerstvem zdravotnictví ČR, projekt č. NV19-08-00250, všechna práva vyhrazena. Podpořeno projektem Národní ústav pro výzkum rakoviny (Program EXCELES, ID Projekt č. LX22NPO5102) - Financováno Evropskou unií - Next Generation EU. |
| Související projekty: |