CoverView: clear atom-level visualization of electron density coverage of PDB structures to assist validation

Varování

Publikace nespadá pod Fakultu sportovních studií, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	CHARESHNEU Aliaksei SEHNAL David SVOBODOVÁ Radka
Rok publikování	2022
Druh	Software
Fakulta / Pracoviště MU	Středoevropský technologický institut
www	https://ncbr.muni.cz/CoverView
Popis	A prototype of a web server allowing the users to clearly visualize the electron density coverage of a protein structure at the level of atoms. Consists of a sortable table with relevant information (title, assembly weight, total atoms, fraction of atoms covered, resolution high, R factor, R free) on a set of selected structures linked to pre-created Mol* sessions, where each structure is colored according to the electron density coverage of atoms (green – covered, red – not covered). The implementation is based on a Python library called gemmi.
Související projekty:	Česká národní infrastruktura pro biologická data