Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport
| Název česky | Caver Web 1.0: identifikace tunelů a kanálů v proteinech a analýza transportu ligandu |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2019 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Nucleic acids research |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | Full Text |
| Doi | http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378 |
| Klíčová slova | BINDING; STABILITY; MECHANISM; MYOGLOBIN; MIGRATION; DYNAMICS; KINETICS; PATHWAY; ENZYMES; SERVER |
| Přiložené soubory | |
| Popis | Caver Web 1.0 je webový server pro komplexní analýzu tunelů a kanálů v proteinech a pro studium transportu ligandu přes tyto transportní cesty. Caver Web je první interaktivní nástroj umožňující obě analýzy v jednom grafickém uživatelském rozhraní. Server je vybudován nad hojně užívaným nástrojem pro detekci tunelů Caver 3.02 a nad CaverDock 1.0 umožňujícím studium transportu ligandů. Program se snadno ovládá, jelikož vyžaduje pouze strukturu proteinu pro identifikaci tunelů a seznam ligandů pro analýzu transportu. Procedury pro automatické nastavení výpočtů asistují uživatelům tak, aby získali biologicky relevantní výsledky. Identifikované tunely, jejich vlastnosti, energetické profily a trajektorie průchodů ligandů mohou být spočítány a vizualizovány. Nástroj je velmi rychlý (2-20 minut na úlohu) a je použitelný dokonce pro virtuální screening. Jeho snadné nastavení a ucelené grafické rozhraní dělá nástroj přístupným pro širokou vědeckou komunitu. Server je volně k dispozici na https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb. |
| Související projekty: |