Gene classification and mining of molecular markers useful in red clover (Trifolium pratense) breeding

Varování

Publikace nespadá pod Fakultu sportovních studií, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Klasifikace a validace molekulárních markerů využitelných ve šlechtění jetele lučního (Trifolium pratense)
Autoři	IŠTVÁNEK Jan DLUHOŠOVÁ Jana DLUHOŠ Petr PÁTKOVÁ Lenka NEDĚLNÍK Jan ŘEPKOVÁ Jana
Rok publikování	2017
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Frontiers in Plant Science
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
www	http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.00367/full
Doi	http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2017.00367
Obor	Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova	biosynthetic pathways; genetic diversity; sequencing; SNP; specific genes; SSR
Popis	Jetel luční (Trifolium pratense) je významná pícnina. Tato práce přináši rozšíření poznatků o kódujících sekvencích jetele lučního s perspektivou jejich dalšího využití. Celkem bylo charakterizováno 42 996 genů prostřednictvím sekvenování nové generace Illumina a po manuální revizi anotace pomocí Blast2GO. 7 517 genů bylo klasifikováno do metabolických a biosyntetických drah podle biologických procesů. Bylo identifikování 6 749 potenciálních microsatelitních lokusů v kódujících sekvencích jetele lučního a characterizováno 4 005 potenciálních SSR (simple sequence repeat) markerů s PCR produkty o předpokládané délce 100–350 bp. Hustota markerů byla určena na 1 SSR marker na 12,39 kbp. Dále bylo identifikováno 343 027 SNP (single nucleotide polymorphism) markerů, s hustotou 1 SNP marker na 144,6 bp. 95 SSR v kódujících sekvencích bylo analyzováno pro 50 odrůd jetele lučního a bylo získáno 22 vysoce polymorfních markerů s PIC (pooled polymorphism information content) > 0,9. 8 623 SNP bylo využito pro hodnocení polymorfismu individuálních rostlin a hodnoty PIC se pohybovaly od 0 do 0,375. Byla vypracovány temperature switch PCR pro genotypování konkrétních SNP v cílových genech a byla určena homozygotní nebo heterozygotní konstituce pěti lokusů. Vytvořené sady SSR a SNP markerů pro celý genom jsou klíčové pro další rozpracování šlechtitelských postupů s využitím genotypování, pro identifikaci genů konkrétních významných znaků a pro asociační studie na celogenomové úrovni.
Související projekty:	Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností Podpora výzkumné činnosti studentů molekulární biologie a genetiky 5