ChrgDescCalc.py – nástroj na výpočet nábojových deskriptorů

Varování

Publikace nespadá pod Fakultu sportovních studií, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

HEJRET Václav GEIDL Stanislav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav

Rok publikování 2016
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
Popis Nábojové deskriptory jsou podskupinou molekulových deskriptorů [1, 2], které v chemoinformatice používáme především k predikci aktivit a fyzikálně chemických vlastností molekul. Nábojové deskriptory mají tu výhodu, že využívají pro svůj výpočet parciální atomové náboje, které popisují rozložení elektronů v molekule a můžeme díky nim získat velký přínos při popisu některých důležitých vlastností. Přestože existuje několik kvantově mechanických i empirických metodik pro výpočet nábojů, většina současných softwarových nástrojů pro výpočet deskriptorů využívá pouze jednoduché Gasteiger-Marsili náboje. Navíc uvedené softwarové nástroje nabízí pouze zlomek z dostupných nábojových deskriptorů. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli vytvořit software pro výpočet nábojových deskriptorů, založených na libovolných atomových nábojích. Tento nástroj umožňuje výpočet 68 různých nábojových deskriptorů, jejichž definice byly převzaty především z literatury [1]. Software je napsán v jazyce Python a umožňuje zpracovat tisíce běžných organických molekul během několika sekund. Rád bych představil výsledky porovnání deskriptorů využívající kvantově mechanické a empirické náboje. Dále se nám pomocí vybraných deskriptorů podařilo vytvořit kvalitní QSPR modely pro predikci významných fyzikálně chemických vlastností – rozdělovacího koeficientu logP a disociační konstanty pKa pro molekuly fenolů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info