Real-time visualization of protein empty space with varying parameters
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2013 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | Proceedings of Biotechno |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Informatika |
| Klíčová slova | protein; empty space; void; visualization; real-time; cavity |
| Popis | Zkoumání volného prostoru uvnitř proteinových struktur je jednou ze základních disciplín proteinového inženýrství a návrhu nových léčiv. Takovýto volný prostor hraje důležitou úlohu při mutacích proteinu. Jeho důležitost je rovněž založena na schopnosti absorbovat malou molekulu ligandu, která může reagovat s proteinem. Produkt takové reakce může tvořit základ nového léčiva. Bylo publikováno mnoho algoritmů pro výpočet volných míst uvnitř molekul a relevance výsledků byla vyhodnocena a potvrzena přímo proteinovými inženýry. Avšak ne každá spočtená dutina je vhodná pro akceptaci ligandu. Proto je za tímto účelem nutné provést vyhodnocení každé dutiny. V této fázi je nezbytnou součástí zobrazení všech dutin, které podstatně urychluje proces jejich evaluace. Tento článek představuje nový algoritmus pro vizualizaci a následné vyhodnocení dutin v reálném čase. Tento přístup řízený uživatelem umožňuje okamžitě spočítat a zobrazit volný prostor v proteinu, který vyhovuje vstupním parametrům. Tyto parametry obsahují zejména nastavení minimální šířky volného prostoru. Hodnoty vstupních parametrů mohou být kdykoliv změněny a změny jsou okamžitě promítnuty do zobrazení, které je ihned připraveno k dalšímu prozkoumání. |
| Související projekty: |