Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Fakultu sportovních studií, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Identifikace parametrů a clasifikace modelů Thomasových sítí
Autoři

KLARNER Hannes STRECK Adam ŠAFRÁNEK David KOLČÁK Juraj SIEBERT Heike

Rok publikování 2012
Druh Článek ve sborníku
Konference Computational Methods in Systems Biology: 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Proceedings
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
www http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-33636-2_13
Doi http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-33636-2_13
Obor Informatika
Klíčová slova Thomas network; parameter identification; model checking
Popis We propose a new methodology for identification and analysis of discrete gene networks as defined by René Thomas, supported by a tool chain: (i) given a Thomas network with partially known kinetic parameters, we reduce the number of acceptable parametrizations to those that fit time-series measurements and reflect other known constraints by an improved technique of coloured LTL model checking performing efficiently on Thomas networks in distributed environment; (ii) we introduce classification of acceptable parametrizations to identify most optimal ones; (iii) we propose two ways of visualising parametrizations dynamics wrt time-series data. Finally, computational efficiency is evaluated and the methodology is validated on bacteriophage \lambda case study.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info