Project information
Struktura a dynamika biopolymerů
- Project Identification
- MUNI/A/1467/2021
- Project Period
- 1/2022 - 12/2022
- Investor / Pogramme / Project type
-
Masaryk University
- Specific research - support for student projects
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Science
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
- Raghib Ashraf
- Mgr. Ladislav Bartoš
- Sofia Blasco Puyuelo
- Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D.
- Mgr. Bc. Gabriela Bučeková
- Mgr. Martin Černý
- Rahul Deb, Ph.D., M.Sc.
- Mgr. Alžbeta Dikunová
- Mgr. Viktoriia Doshchenko
- Mgr. Ivo Durník, Ph.D.
- Francesco Luca Falginella, Ph.D.
- Mgr. Martin Gajarský, Ph.D.
- Mgr. Václav Hejret
- Mgr. Alena Hofrová
- Mgr. Vladimír Horský, Ph.D.
- Aliaksei Chareshneu, Ph.D.
- Atis Jekabsons
- Mgr. Veronika Klápšťová
- Mgr. Marek Korsák
- Mgr. Daniel Krafčík, Ph.D.
- doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
- Mgr. Alice Laníková
- Mgr. Kateřina Linhartová
- Mgr. Filip Melicher
- Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D.
- Mgr. Klaudia Mráziková, Ph.D.
- Subhash Narasimhan, Ph.D.
- Mgr. Peter Pajtinka
- Sushmita Pal
- Mgr. Kateřina Peterková, Ph.D.
- Mgr. Jitka Plucarová, Ph.D.
- RNDr. Mgr. Pavlína Pokorná, Ph.D.
- Mgr. Bc. Jana Porubská
- Mgr. Milan Pouch
- Praveenkumar Rengaraj
- RNDr. David Sehnal, Ph.D.
- Priyadharshini Selvaraj
- RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D.
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
- prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.
- Andrea Tripepi, Ph.D.
- Mgr. Dávid Tužinčin
- prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
- Mgr. David Zapletal
- prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Projekt je zaměřen na integraci 3D strukturních informací popisujících velké makromolekulární struktury - bílkoviny, nukleové kyseliny a jejich komplexy - do funkčního kontextu s cílem porozumět životně důležitým procesům na buněčné úrovni. Pro studium bude využita celá řada experimentálních metod s velkým rozsahem prostorového rozlišení (rentgenové difrakce monokrystalů, nukleární magnetická rezonance, kryo-elektronová mikroskopie) společně s metodami poskytujícími informace o mezimolekulárních interakcích. Pro pochopení základních principů rozpoznávání molekul v živých organismech budou důležité systematické studie in-vitro za využití široké řady biofyzikálních nástrojů. Experimentální přístup bude doplněn teoretickými studiemi využívajícími výpočetní chemii, chemoinformatiku a strukturní bioinformatiku. Součástí projektu bude i vývoj moderních metod strukturní biologie a extrakce molekulárních dat důležitých pro biochemické a biomedicínské aplikace. Řešení jednotlivých cílů projektu se budou účastnit výzkumné týmy, jejichž podstatnou částí jsou studenti magisterských a zejména doktorských studijních programů garantovaných ústavem Národní centrum pro výzkum biomolekul.
Publications
Total number of publications: 6
2022
-
De novo design of peptides that form transmembrane barrel pores killing antibiotic resistant bacteria
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Interactions of adaptor protein Grb2 with microtubule associated protein 2c
Year: 2022, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Noncanonical small RNA chimeras identified by AGO2-CLASH
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Pyrene-Lablled G-Quadruplexes Derived from the KIT Proto-Oncogene
Year: 2022, type: Conference abstract
-
QM-like partial atomic charges for AlphaFold available online
Year: 2022, type: Conference abstract
-
Seeing the invisible – Study of transiently formed protein conformation found in domain 1.1 of bacterial transcription factor
Year: 2022, type: Appeared in Conference without Proceedings