Project information
Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty

Information

This project doesn't include Faculty of Sports Studies. It includes Faculty of Science. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

GA16-06096S

Project Period

1/2016 - 12/2018

Investor / Pogramme / Project type

Czech Science Foundation

Standard Projects

MU Faculty or unit

Faculty of Science

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Cooperating Organization

J. Heyrovský Institute of Physical Chemistry of the ASCR, v. v. i.

Enzymy jsou velmi účinné a specifické přírodní katalyzátory. Jejich aktivní místa jsou často pohřbena
uvnitř jejich středu a spojeny se solventem skrze transportní cesty – tunely. Geometrie,
fyzykálně-chemické vlastnosti a dynamika tunelů určuje rychlost, s jakou se vyměňují ligandy mezi
aktivním místem a solventem. Tento proces často limituje celkovou účinnost katalýzy. Cílem projektu je
zavést nové metody ke studiu vlastností a dynamiky tunelů relevantních pro funkci enzymů. V rámci
řešení projektu nejprve připravíme sadu simulací molekulové dynamiky enzymů, pro které jsou
relevantní tunely známé. Následně vyvineme automatický postup a software schopný efektivně
analyzovat dynamiku tunelů, které použijeme k analýze široké škály enzymů. Za účelem další validace
postupu, vytvoříme nové fluorescenční techniky vhodné ke studiu relevance a dynamiky tunelů. Tyto
analýzy rozšíří naše znalosti o vlastnostech tunelů, které řídí transportní procesy v enzymech.
Shromážděné příklady umožní další výzkum zabývající se významem tunelů pro proteinové inženýrství a vývoj inhibitorů.

Publications

Total number of publications: 14

2019

Structure-Function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases

KOKKONEN Piia Pauliina KOUDELÁKOVÁ Táňa CHALOUPKOVÁ Radka DANIEL Lukáš PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří

Chapter of a book

Aerobic Utilization of Hydrocarbons, Oils, and Lipids, year: 2019, number of pages: 21 s.

2018

CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

JURČÍK Adam BEDNÁŘ David BYŠKA Jan MARQUES Sérgio Manuel FURMANOVÁ Katarína DANIEL Lukáš KOKKONEN Piia Pauliina BREZOVSKÝ Jan STRNAD Ondřej ŠTOURAČ Jan PAVELKA Antonín MANAK Martin DAMBORSKÝ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora

Article in Periodical

Bioinformatics, year: 2018, volume: 34, edition: 20, DOI
Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2

DVOŘÁK Pavel BEDNÁŘ David VAŇÁČEK Pavel BÁLEK Lukáš EISELLEOVÁ Lívia ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika ŠEBESTOVÁ Eva BOSÁKOVÁ Michaela KONEČNÁ Žaneta MAZURENKO Stanislav KUNKA Antonín VÁŇOVÁ Tereza ZOUFALOVÁ Karolína CHALOUPKOVÁ Radka BREZOVSKÝ Jan KREJČÍ Pavel PROKOP Zbyněk DVOŘÁK Petr DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

Biotechnology and Bioengineering, year: 2018, volume: 115, edition: 4, DOI
Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization

VAŇÁČEK Pavel ŠEBESTOVÁ Eva BABKOVÁ Petra NEVOLOVÁ Šárka DANIEL Lukáš DVOŘÁK Pavel ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika CHALOUPKOVÁ Radka BREZOVSKÝ Jan PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

ACS Catalysis, year: 2018, volume: 8, edition: 3, DOI
HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information

SUMBALOVÁ Lenka ŠTOURAČ Jan MARTÍNEK Tomáš BEDNÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

Nucleic Acids Research, year: 2018, volume: 46, edition: W1, DOI
Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time

KOKKONEN Piia Pauliina SYKORA J. PROKOP Zbyněk GHOSE A. BEDNÁŘ David AMARO M. BEERENS Koen NEVOLOVÁ Šárka SLÁNSKÁ Michaela BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří HOF M.

Article in Periodical

Journal of the American Chemical Society, year: 2018, volume: 140, edition: 51, DOI

2017

Ancestral Haloalkane Dehalogenases Show Robustness and Unique Substrate Specificity

BABKOVÁ Petra ŠEBESTOVÁ Eva BREZOVSKÝ Jan CHALOUPKOVÁ Radka DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

CHEMBIOCHEM, year: 2017, volume: 18, edition: 14, DOI
Bioremediation 3.0: Engineering Pollutant-Removing Bacteria in the Times of Systemic Biology

DVOŘÁK Pavel NIKEL Pablo Ivan DAMBORSKÝ Jiří DE LORENZO Victor

Article in Periodical

BIOTECHNOLOGY ADVANCES, year: 2017, volume: 35, edition: 7, DOI
Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites

LIŠKOVÁ Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika BEDNÁŘ David BREZOVSKÝ Jan PROKOP Zbyněk CHALOUPKOVÁ Radka DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

Angewandte Chemie International Edition, year: 2017, volume: 56, edition: 17, DOI
Enzyme Tunnels and Gates As Relevant Targets in Drug Design

MARQUES Sérgio Manuel DANIEL Lukáš BURYŠKA Tomáš PROKOP Zbyněk BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří

Article in Periodical

MEDICINAL RESEARCH REVIEWS, year: 2017, volume: 37, edition: 5, DOI