Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2021 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) reprezentují nejagresivnější subtyp nádorů prsu (BC). Jelikož TNBC nádory neexprimují estrogenový, progesteronový ani Her-2 receptor, na které cílí biologická léčba ostatních BC subtypů, pacienty je v současné době možno léčit výhradně systémovou chemoterapií s řadou vedlejších účinků pro pacienty. Subtyp jako takový je navíc molekulárně velmi heterogenní, což ukazují data jak na transkriptové úrovni [1], tak pilotní data na proteinové [2] úrovni. Existuje tedy klinická potřeba zavést přesnější klasifikaci těchto nádorů a identifikovat nové terapeutické cíle pro definované podskupiny TNBC. Proteotypová klasifikace TNBC má přitom potenciál reflektovat fenotyp nádorů lépe než klasifikace na úrovni genové exprese. Pro proteotypovou klasifikaci TNBC máme k dispozici velmi dobře charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů. Lyzáty z nádorových zamražených tkáňových lyzátů byly štěpeny trypsinem, alikvoty byly smíchány, frakcionovány pomocí hydrofilní chromatografie a analyzovány pomocí LC-MS/MS v datově závislém (DDA) módu, jednotlivé lyzáty pak byly analyzovány v datově nezávislém módu (DIA) na hmotnostním spektrometru TimsTOF Pro (Bruker). Pro extrakci kvantitativních dat z DIA fingerprintů byla v programu Spectronaut 15 (Biognosys) vytvořena spektrální knihovna pokrývající 219738 prekurzorů, 151076 peptidů a 11186 proteinových skupin (FDR=1%). S využitím této spektrální knihovny jsme pomocí programu Spectronaut schopni konzistentně kvantifikovat 167625 prekurzorů, 122155 peptidů a 10304 proteinových skupin. Recentně získaná surová data představují dosud nejkonzistentnější pokrytí BC proteomu a budou využita k dalším analýzám s cílem lépe stratifikovat TNBC nádory pro cílenou biologickou terapii. |
| Related projects: |