Charakterizace nového druhu stafylokokového bakteriofága čeledi Podoviridae
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2020 |
| Type | Article in Proceedings |
| Conference | Tomáškovy dny 2020 - XXIX. konference mladých mikrobiologů |
| Citation | |
| web | https://www.med.muni.cz/tomdny/program |
| Description | Rezistence bakterií rodu Staphylococcus vůči antibiotikům začíná být vážným celosvětovým problémem. Druh Staphylococcus sciuri je spíše komenzálním druhem, avšak jeho výskyt koreluje s výskytem některých onemocnění u člověka i hospodářských zvířat. Stejně jako jiné bakterie, je i tento druh hostitelem bakteriálních virů –bakteriofágů. Bakteriofágy z čeledi Podoviridae mají ikozahedrální hlavičku a nekontraktilní bičík. Cílem této práce bylo stanovení růstových vlastností a charakterizace nového podoviru KAC10 na úrovni genomu i proteomu. Propagační bakteriální kmen byl taxonomicky zařazen pomocí sekvenace genů 16S rRNA a rpoB. Růstové vlastnosti fága byly stanoveny pomocí adsorpční a růstové křivky. Proteom byl charakterizován metodami SDS-PAGE a LC-MS. Genom byl získán sekvenací na platformě Illumina, následně byl anotován a srovnán s fágovými genomy v databázi GenBank. Genom fága KAC10 je unikátní. Nejvyšší shoda byla nalezena s fágem Pike, který vykazuje 80% identitu, avšak při pouhém 11% pokrytí sekvencí. Strukturní proteiny KAC10 a jejich relativní četnost byly porovnány s podovirem P68. Stejné typy proteinů měly, přes sekvenční odlišnosti, přibližně stejnou molekulovou hmotnost a v obou případech byl nejhojnější hlavní kapsidový protein. Propagační kmen nového bakteriofága byl zařazen ke druhu S. sciuri. Fág pomnožený na tomto kmeni dosahuje titru v řádu 1010 PFU/ml. Při lyzi kmene na agaru tvoří KAC10 plaky o velikosti až 0,25 cm. Délka životního cyklu KAC10 je 20 min a fágový výnos se pohybuje mezi 122 a 163 PFU na jednu infikovanou buňku. Z65 testovaných kmenů různých druhů rodu Staphylococcus a Macrococcus byl citlivý pouze jeden další kmen S. sciuri–P723. Tři kmeny vykazovaly lyzi zvnějšku (1 kmen S. sciuri a 2 kmeny S. vitulinus). Po opakované pasáži KAC10 na kmeni P723, se na tomto kmeni stonásobně zvýšil titr fága, přičemž na propagačním kmeni se nezměnil. Zároveň se ale po aplikaci na původní propagační kmen objevily i KAC10-rezistentní kolonie, které se původně nevyskytovaly. Nově popsaný podovirus KAC10 má sice úzké spektrum hostitele, avšak svůj propagační kmen lyzuje velmi efektivně. Jeho lytické proteiny by proto mohly najít uplatnění ve fágové terapii. Tato práce byla podpořena grantem Grantové agentury ČR (GA18-13064S) a grantem Fondu rozvoje Masarykovy univerzity (MUNI / FR / 1181/2018). |
| Related projects: |